Site oficial do plugin.
Problema: Sobreposição de imagens
Causa: A altura (height) dos elementos é calculado antes de terminar o carregamento do site
Solução 1: Inicializar o Isotope após todas as imagens terem sido carregadas. Para isso vai ser preciso usar o ImagesLoaded (Este plugin detecta quando as imagens foram carregadas).
var $container = $('.$container').imagesLoaded( function() {
$container.isotope({
// opções
});
});
Solução 2: Definir uma altura (height) para o elemento que contém a imagem.